TUGAS TERSTRUKTUR BIOLOGI MOLEKULER

coeats_granary@yahoo.com

 

 Kuat Prabawati

http://www.coe4t8.wordpress.com

fariz_dna06@yahoo.co.id

 

Nur Fariza

http://www.fariz06.wordpress.com

meyta_pe@yahoo.com 

Meyta Pratiwi

http://www.methonx.wordpress.com

AKTIVITAS DAN APLIKASI ENZIM PADA RISET DNA REKOMBINAN

Teknologi DNA rekombinan merupakan salah satu faktor yang berkontribusi dalam

perkembangan pengetahuan ekspresi gen. Teknologi DNA rekombinan pertama kali dilakukan

sekitar tahun 1970 – 1980-an. Dasar dari teknologi DNA rekombinan adalah manipulasi molekul

DNA dalam tabung uji. Teknik DNA rekombinan ini melibatkan enzim – enzim yang

aktivitasnya dapat diketahui dan dikontrol. Enzim – enzim tersebut terbagi dalam empat

golongan besar, yaitu :

1. DNA polimerase

Enzim yang mensintesis polinukleotida baru yang komplemen dengan DNA atau RNA

template.enzim ini digunakan dalam PCR, sekuensing DNA, pelabelan DNA dan riset –

riset biomol lain.

Ada 2 peran eksonuklese dari DNA polimerase yaitu :

a. Eksonuklese 3’-

 

5’: berfungsi menghilangkan nukleotida dari ujung 3’ pada untai

DNA yang baru disintesis aktivitasnya disebut

 

proofreading  karena eksonuklese

 

ini membiarkan DNA polimerase mengoreksi kesalahan insersi basa yang tidak

pada tempatnya.

b. Eksonuklease 5’ ke3

 

’: biasanya berfungsi pada replikasi DNA, yaitu untuk

menghilangkan sedikit bagian dari polinukleotida yang sudah disisipkan ke untai

template.

  

 

 

2. Nuklease

Enzim yang berfungsi untuk memutus ikatan fosfodiester yang menghubungkan

nukleotida yang satu dengan yang lain. Ada 3 macam nuklease :

a. Eksonuklease, menghilangkan nukleotida dari ujung molekul DNA atau RNA.

b. Endonuklease, aktivitasnya memotong ikatan fosfodiester internal.

c. Restriksi endonuklease, mempunyai peran khusus dalam teknologi DNA rekombinan,

yaitu dapat mengikat DNA pada urutan tertentu dan membuat untai ganda DNA

terpotong dalam urutan tertentu.

Gambar 2. Aktivitas enzim Nuklease

3. Ligase

Tahap penting dalam teknologi DNA rekombinan adalah penyambungan molekul DNA

asing ke DNA vektor. Proses ini disebut proses ligasi dan dikatalisis oleh enzim ligase.

Ligase adalah enzim yang berperan dalam menyambung ikatan kovalen antara gula dan

fosfat. Contoh enzim ligase: enzim ligase dari 

 

 E. coli dan faga T4. Ligase lebih efisien

menyambung ujung lengket (sticky end) dibandingkan menyambung ujung tumpul sebab

interaksi ikatan hidrogen antara tonjolan ujung lengket (sticky) menambah stabilitas

kedua untai ketika proses katalisis berlangsung; interaksi seperti itu tidak terjadi pada

proses ligase ujung tumpul (blunt end) sehingga proses ligasi menjadi tidak efisien. Hasil

reaksi ligasi antara vektor (plasmid) dan fragmen DNA setelah dipotong enzim restriksi

yang sama, sebagai berikut :

a. Vektor berhasil disisipi fragmen DNA asing bukan target

b. Vektor berhasil disispi fragmen DNA asing target

c. Vektor tidak berhasil disisipi dan menyambung kembali (religasi)

 

 

4. Enzim modifikasi akhir

Contoh dari enzim modifikasi akhir yaitu:

a. Terminal deoksinukleotidil transferase

Berfungsi untuk membentuk ujung DNA yang homopolimer

b. Alkaline fosfatase

Berfungsi untuk menghilangkan fosfat dari ujung 5’ pada molekul DNA yang

mencegah molekul ini berligasi

c. Polinukleotida kinase

Kebalikan dari alkaline fosfatase yaitu menmbahkan fosfat pada ujung 5’.

Daftar Pustaka:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?highlight=DNA%20polymerases,4.1.1.&rid=genom

es.section.5997#6011

Situs terkait:

 

http://www.molecular-plant-biotechnology.info/enzymes-used-in-geneticengineering/

enzymes-used-in-genetic-engineering.htm

 

http://www.studentsguide.in/microbiology/recombinant-dna-technology/recombinantdna-

technology-introduction.html

 

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6033

Situs gambar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6002

FAKULTAS BIOLOGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN

PURWOKERTO

K31-TD-02

Oleh:

B1J006159

 http://www.chuq.qc.ca/labomoss/Protocols/Protocol%20DNA%20man%20lab.html

 http://www.jiskha.com/science/biology/DNA_manipulation.html

Pengertian Istilah Transkriptom dan Proteom

RINGKASAN

Ekspresi genom merupakan suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan banyak faktor. Secara umum ekspresi genom dimulai sejak pra-inisiasi transkripsi. Penggunaan informasi biologi memerlukan koordinasi aktivitas enzim-enzim dan protein lainnya yang berpartisipasi dalam suatu seri reaksi biokimia yang kompleks yang disebut ekspresi genom. Ekspresi genom ini terjadi pada sel prokariot dan eukariot, meskipun prosesnya sedikit berbeda. Ekspresi genom mempunyai langkah-langkah, seperti mengakses genom terjadi dalam bagian-bagian genom yang mengandung gen yang aktif untuk meyakinkan gen-gen ini dapat diakses, penggabungan kompleks inisiasi transkripsi yang terdiri dari sekelompok protein yang bekerja bersama untuk mengkopi gen-gen menjadi RNA, syntesis RNA yaitu gen ditranskrip menjadi suatu kopi RNA, pemrosesan RNA merupakan suatu seri perubahan yang dibuat pada sekuens molekul RNA dan struktur kimianya, degradasi RNA yaitu pergantian molekul RNA yang terkontrol, penggabungan kompleks inisiasi translasi terjadi di ujung 5’ molekul RNA yang mengkode polipeptida, pelipatan protein dan pemrosesan protein dimana pelipatan ini menghasilkan protein yang mempunyai konfigurasi tiga dimensi yang benar, serta degradasi protein yang mempunyai pengaruh penting pada komposisi proteom dan seperti degradasi RNA.

Transkriptom merupakan produk paling awal dari ekspresi genom yang dihasilkan dari proses transkripsi, dimana masing-masing gen-gen pengkode protein di kopi menjadi molekul RNA yang ekspresi biologinya diperlukan oleh sel pada waktu tertentu. Sedangkan proteom yaitu produk akhir ekspresi genom yang mengandung bermacam-macam protein yang ada dalam sel pada waktu tertentu. Pembentukan proteom melibatkan proses translasi RNA menjadi protein. Sehingga transkripsi dan translasi dengan kata lain dapat diaktakan “DNA membuat RNA kemudian membuat protein”. Dapat digambarkan secara umum yatu dengan alur sebagai berikut :

Genome     Transkripsi  Transkriptome RNA copie  Translasi    Proteom       

Protein dalam proteom kebanyakan mempunyai fungsi umum untuk aktivitas biokimia yang terjadi dalam sel (house keeping). Hal ini ditunjukkan saat proteom dari tipe sel mamalia yang berbeda di uji, ternyata sangat sedikit perbedaan yang ada diantara protein yang melimpah. Proteom yang mengandung seluruh protein suatu sel mamalia, sebagai contoh hepatosis hati yang mengandung 10000-20000 protein yang berbeda sekitar 18-20% dari berat total sel. Tiap protein yang ada dalam jumlah kopi lebih besar dari 50000 per sel termasuk melimpah, karena rata-rata dari tiap sel mamalia sekitar 2000 protein.

Daftar Pustaka

Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed.,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234

diakses tanggal 23 September 2008

 

Situs Terkait

 

[FLASH] Transkriptome and proteom ANIMATION

http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/gene/gene_a2.html

 

http://www.goalfinder.com/proteomics.asp

 

 

 

ULTAH UPI FABIO UNSOED

NAHHH…yang ini ni foto2 pas ultah Unit Penelitian Ilmiah yang ke-19 th. gila2 banget, tapi yg tak pampangin yg sok imut jah. di sini ni benernya tema ultahnya tu jawa gitu jadi pas upacara ma PD III juga pake bahasa jawa krama. yg lebih gila kita pake aksesoris jawa juga benernya,,,pokoe kaya suku terpencil yg terisolasi di bumi pertiwi entah bagian nylesep mana dech. habis itu kita main kaya anak TK da acara permainan, karaukean yach unggulan kita disegala suasana event2 yg kita lalui pasti tu karaukean jadi no satu dengan joget ala sing paling ala…he..hee…buwat UPI met ultah yaw, moga anak2nya makin sukses jah. tak lupa bwt anak2 organisasi cayo kita tingkatkan kader2 UPI nya moga ja UPI makin jaya di tingkat nasional ga kalah dech ma anak2 regional B yang lain. cemangad…cemangad!!!!

selesai juga

acara yang dah dilakuin kelar juga…

Olimpiade Biologi n Lomba Karya Tulis Ilmiah Se-Jateng tgl 2-3 Agustus 2008 di Fabio Unsoed ini diikuti ma 128 siswa SMA/K plus pendamping lebih dari 50 orang ni bener2 memeras pikiran n tenaga temen2 organisasi kita UPI. aku juga belajar banyak dari acara kemarin, dari teknik lobying, nyari tempat yg enak, ngadepin org2 aneh, org2 yg masih muda, tua bahkan baby, jadi orang yg tiba2 sok kenal n ramah, wakhhh pokoe habis2anlah.

acara dah kelar, evaluasi acara pun langsung dilakuin tiap acara kelar per hari meski pake ngantuk2 juga n ngrumpi. sempet kita2 karokean, suenenge pake joget juga ala Tip-X  wah pokoe bikin jadi kekeluargaan di UPI tambah rekat dech. ternyata itu semua bukan apa2 tanpa kerja keras n semangat serta kebersamaan juga pengorbanan dari semua pihak, kita ngerjainnya dari bulan februari mpe sekarang bulan agustus akhirnya selesai juga. aku punya keluarga baru juga, punya temen2 yg bisa diajak gila, susah seneng. bidangku is dekorasi n dokumentasi, hal2 yg menyangkut kekuasaan desain n fotografi di kuasai ma dek dok. aku bukan apa2 tanpa PJ ku yg sangat teramat banget2 membimbing aku dan bertanggungjawab atas apa yg kita lakuin. dia ngebantu semua dari proses desain sertifikat, nyari percetakan, geber, spanduk, lobi semua org yg berhub ma hal2 dek dok. buat maz Salman Farizi, opaku tercinta yang kadang gokil, ramah baik hati tidak sombong n item manies aku ngucapin makasih banyak, mungkin maksih aja ga cukup tapi sungguh aku bener2 ngrasa bersyukur 3 minggu intens kerja bareng ma opa bener2 memperkaya  pengalamanku.

jadi inget pas malem2 dianter mpe kos, tapi ga mpe kos gara2 takut disangka orang yg ga ga. jadi inget pas opa 1 mgu pulang ke Pekalongan aku kete2ran sendiri n protes pengin liburan, ekh opa pulang kPwt bawa makanan trus makan rame2 dech. tapi akhirnya aku dikasih libur cuma 2 hari ma opa!!!!!khehh, mpe sekarang aku belum bisa balik2 ne. jadi inget juga pas hari H opa mau nyayi kur ekh sepatu pantovel opa bikin jalan opa ngegeng, kaki opa kesakitan padahal dah dibela2in minjem ya pah. tapi whatever ga da pa2 nya dibandingkan semua pengalaman yg luar biasa baru buat semuanya.

ga khayal kalau akhirnya ada beberapa yg nangis termasuk pak ketua Fariz 06 disebabin acara dah selesai juga, lega to pun hal2 yg diluar perkiraan aku entahlah. tapi maaf aku ga bisa nangis. meski masih banyak acara yg dirasa kurang baik dalam hal teknis, tapi yakinlah kita semua dah berusaha yg terbaik demi terlaksananya acara yg lumayan cukup besar itu.

thax temen2, thax 4 all motivation n spirit. moga amal ibadah kita diterima seperti pa yg kita inginkan diakherat kelak, Amin ya Rabbal’alamin.

foto imoet

  

 

ni ni foto di Curug Bayan Baturaden, sayang foto2 yang unik ke hapus….setelah Pantai Widoro Payung akhirnya ke gunung juga di Baturaden meski podo wae ketemune air. buat anak2 DNA 2 ayo semangat jangan lupa yao tetep kompak bagi2 awetan..n jajanan lo lagi ultah..

Pantai Permisan Nusa Kambangan

 

Pantai Permisan di Nusa Kambangan , wahhh suenengnya yang bikin aku jadi tahu lapas2 di situ ternyata banyak juga yang masih kosong. dicari lowongan pekerjaan yang masak2 to pun mau menginap gratis, aman, nyaman di situ disediain ruang full AC…syaratnya lakukan kejahatan sejahat2nya segera buktikan,,,gedung baru dibangun dengan fasilitas memuaskan.

Ciri Genetik dari Enterobacter Sakazakii dilihat dari Ketahanan Panasnya

Enterobacter sakazakii yang didapatkan dari isolat susu formula bayi dan produk makanan lain di Jepang yang digolongkan berdasarkan ketahanan panasnya didapatkan perbedaan analisis ekspresi gen yang ditunjukkan oleh adanya resisten panas yang diekspresikan pada klonenya dari infB (kode sebuah faktor translasi inisiasi). E. sakazakii merupakan bakteri gram negatif penyebab meningitis, keracunan bahkan kematian bayi. Umumnya E. sakazakii lebih sering mengenai bayi yang yang belum lama lahir, dan seringnya berasosiasi melalui kontaminasi susu formula bayi.

Penelitian ini menggunakan 30 E. sakazakii, 23 macam yang diisolat dari produk makanan dan selebihnya isolat dari susu bayi di Jepang. Identifikasi secara genetik ditunjukkan menggunakan PCR, dengan 16S rRNA sekuens sebagai template. Secara karakteristik genetik E. sakazakii dibedakan menjadi 4 kelompok. Kelompok I terkandung 16 jenis, kelompok II dari produk makanan lain kecuali bakteri yang berkode HT026, HT009, karena HT026 masuk kelompok III, dan sekuen AY579153 dan HT009 ditetapkan pada kelompok IV. Sedangkan berdasarkan isolasi E. sakazakii yang mempunyai daya tahan panas ditetapkan ke dalam 3 kelas. Kelas R, resisten pada panas lebih dari 10⁴ sel/ml masih dapat hidup, kelas S yang sensitif pada panas dengan jumlah lebih sedikit dari 10² sel/ml yang dapat hidup, serta kelas M yaitu sel yang dapat hidup antara 10²-10⁴ sel/ml.

Kelompok I dan II terdapat 12 isolat (6,7%) dalam grup II termasuk kelas R yaitu resisten pada panas lebih dari 10⁴ sel/ml yang dapat bertahan hidup. Pemberian variasi resisten suhu pada isolat E.sakazakii mengakibatkan adanya perbedaan antara ekspresi gen isolat resisten panas (kelas R) dan isolat yang sensitif panas (kelas S). Perbedaan gen-gen yang diatur telah ditranskipsi sebagian dari 16S rRNA. Pemberian panas dilakukan pada protein yang diidentifikasi yaitu infB (5’- GCTGCGGAAACGAGCAA-3’ dan 5’-TCCGCCTGAGCAGCTTTG-3’ dan 5’-GCGCTTGCCACTTTGTGA-3’), groEL(5’-TGTTGCTGCGCCTACTTTCA-3’dan 5’-AGGAACGCGTAGCGAAACTG-3’),dan hnsB(5’- GCAATGGCGCGCGTGACTTC-3’dan 5’-TAACGATGCGGAATTT

CTC-3’).

Pengujian RT-PCR menggunakan kelas R yang resisten panas dan kelas S yang sensitif panas, hasilnya menunjukkan bahwa hanya gen-gen groEL dan gen-gen hnsB yang terlihat tidak spesifik menampilkan sinyal. Sementara pada gen-gen infB dapat ditranskipsi baik oleh isolat R yang resisten panas maupun isolat S yang sensitif panas. Pentingnya infB mRNA pada isolat E.sakazakii yaitu dapat mempengaruhi transkipsi atau translasi pada gen-gen dengan jumlah banyak. infB akan membantu membentuk urutan genom yang komplit pada E.sakazakii, menjelaskan regulasinya seperti fungsi dan tugas-tugas dari mekanisme respon stres pada pathogen.

Kekurangan dari penelitian ini yaitu meskipun menemukan perbedaan ekspresi gen dalam asosiasinya dengan suhu resisten yang berbeda-beda, tapi belum dapat diidentifikasi secara klinik dalam hubungan antara besarnya E.sakazakii yang stress-resisten dengan penyakit yang menjangkit pada manusia. Secara tidak langsung melalui penelitian ini secara genetis hanya dinyatakan bahwa kapasitas ketahanan panas dari bakteri E. sakazakii merupakan faktor penting untuk dapat menginfeksi manusia.

Kuat Prabawati

B1J006159

coeats_granary@yahoo.com

http://coe4t8.wordpress.com

Asakura, H., Tomoko Morita-Ishihara, Shigeki Yamamoto, and Shizunobu Igimi. 2007. Genetic Characterization of Thermal Tolerance in Enterobacter sakazakii. Division of Biomedical Food Research, Japan.

 

try

Menyanggah informasi yang telah ada, saya pikir masih banyak informasi yang kurang detail. Seperti penjelasan tentang apa itu tipe E. sakazakii urutan16S rDNA, dan hasil identifikasi kenapa E. sakazakii dikatakan serupa dengan Cirobacter koseri atau dengan Enterobacter cloacae atau pun C. freundii. Secara taksonomi juga tidak dijelaskan Enterobacter sakazakii itu seperti apa.

Seperti telah diketahui bersama ada salah satu Universitas Negeri di Indonesia yang telah memberikan informasi secara jelas, bahwa pada susu formula bayi tertentu terdapat bakteri E. sakazakii yang dapat menyebabkan beberapa penyakit antara lain meningitis, enteritis, dll pada anak. Topik ini sempat ramai dibicarakan di koran-koran, televisi atau pun media-media yang lain. Akibatnya banyak meresahkan masyarakat, tetapi badan POM sendiri menyanggahnya dan menilai susu formula bayi masih tetap aman dikonsumsi. Padahal jika memang hal ini benar-benar berpengaruh besar pada kesehatan, maka kesehatan masyarakat pun dapat terancam. Bahkan bisa jadi masyarakat sendiri tidak tahu susu formula yang diminumkan pada anaknya seolah adalah penyubur tubuh sekaligus pembawa penyakit, meskipun memang butuh cukup lama efeknya dapat terasa setelah secara terus-menerus mengkonsumsinya. Seandainya terasa pun belum tentu orang mengira penyakit pad anak tersebut tersebut diakibatkan oleh susu formula. Berdasarkan hal tersebut kenapa bakteri E. sakazaki ini dapat menimbulkan sejumlah penyakit seperti peradangan saluran pernafasan bahkan meningitis, zat atau bagian apakah pada E. sakazaki yang dapat menyebabkan penyakit tersebut. Melihat deskripsi yang dipaparkan Hanif, penjelasan secara umum atau kesimpulan dari permasalahan yang dibahas pun kurang jelas.

 

Kuat Prabawati

B1J006159

coeats_granary@yahoo.com

http://coe4t8.wordpress.com

Hello world!

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!